水套式二氧化碳培養箱是指一種依靠腔壁內加熱的水來保持整個培養箱溫度均勻的材料，由于水的高熱容量，它們能夠較長時間保持所需的溫度，這對于多次開門或停電是有益的。

水套式二氧化碳培養箱缺點：

填充和加熱培養箱可能需要時間，因此水套培養箱需要更長的啟動過程。一旦腔室壁充滿水，培養箱會變得非常重并且難以移動。考慮到停滯的溫水是污染物生長的理想場所。

水套式孵化器的另一個缺點是藻類和細菌很容易在室內生長。此外，如果使用錯誤類型的水，培養箱可能會生銹，從而可能導致昂貴的維修費用。

這需要比氣套式CO2培養箱多一點維護，因為水套式二氧化碳培養箱必須排空和清潔才能解決這個問題。

氣套式CO2培養箱被認為是水套的替代品。它們更輕、設置更快、提供相似的溫度均勻性并且通常需要更少的維護。它們在開門后提供更快的恢復。

這是因為空氣夾套培養箱可以根據開門后腔室內的空氣溫度來調節溫度開/關周期。氣套式CO2培養箱也適用于高溫滅菌，溫度可達 180°C 以上，這是使用水套式二氧化碳培養箱無法實現的。

如果受到污染，可以通過傳統的凈化方法（如高溫）或更有效的方法（如紫外線和 H2）快速凈化空氣夾套培養箱。